Ya por el año 1986 se comenzaba a hablar de la creación de una cofradía para la semana santa emeritense. Aires Nuevos que llegaban desde el otro lado del río, la barriada de Nueva Ciudad. En sus inicios y hasta la actualidad ha sido gente joven la que ha dado vida a esta hermandad que se erigía canonicamente el 22 de diciembre de 1994 en la parroquia de Ntra. Sra. de los Milagros presentandose a Mérida como «puente» que une las dos orillas con una nueva cofradía contando siempre con el apoyo inestimable del párroco de Ntra. Sra. de los Milagros D. Antonio Campos Hoyos, fallecido el Domingo de Ramos del año 2005.
El Miercoles Santo del Año 1995, realizaron su primera estación de penitencia con el paso del Stmo. Cristo de la Tres Caídas, al que se incorporó en el año 1999 la imagen de Simón de Cirene. También en el año 1999 concluían las obras de su casa hermandad en unos terrenos colindantes con la parroquia.
Posteriormente en el año 2002 recibían en la parroquia de Ntra. Sra. de los Milagros la imagen de Ntra. Sra. de la Misericordia, que fue bendecida el 2 de Febrero. Por primera vez procesionó el Miercoles Santo del año 2003.
El Cuerpo Nacional de Policia es miembro de honor de la misma por lo que son numerosos los efectivos de este cuerpo los que escoltan cada año las imagenes titulares aportando desde el año 2005 una escolta a caballo.
Una cofradía joven que ha sabido ganarse con seriedad y orden un hueco importante en la Semana Santa de Mérida, ofreciendo estampas inigualables como es el paso de la Estación de Penitencia por el Puente Romano, o el aprovechamiento de los monumentos como la Alcazaba Árabe o el Templo de Diana.
Como dato significativo cabe destacar que a lo largo de la estación de penitencia se da lectura, en puntos destacados del recorrido, a las tres estaciones del vía crucis.
En el año 2022 se completa el paso de paso de Cristo. Ahora incluye 4 faroles dorados y todos los respiraderos (superiores e inferiores). Así mismo, Ntra. Sra. de la Misericordia estrena su Palio así como los faroles de cola. Aún se está trabajando en el bordado del palio por parte del Taller de Bordados de la Cofradía. Un enorme trabajo que en los próximos años se verá completado.